生殖疱疹与软下疳可以通过发病因素、症状表现以及辅助检查来进行区分。

1、发病因素

生殖疱疹与软下疳均是传染性的皮肤性病科，均是以性直接接触、间接接触以及垂直传播的形式来进行传染。但是生殖疱疹是因为感染单纯疱疹病毒(即是HSV)从而引起疾病的发生。而软下疳是因为杜克雷嗜血杆菌的感染从而导致疾病的发生。所以生殖疱疹与软下疳是不一样的传染性疾病，生殖器疱疹的发病因素主要是以感染病毒为主，软下疳是以感染细菌为主。因此，生殖器疱疹与软下疳的区别可以通过发病因素来区分。

2、症状表现

生殖器疱疹与软下疳的发病部位主要是在生殖器部位。但是软下疳的症状表现是生殖器部位出现多个疼痛性的脓疱，继而迅速发展成溃疡，并伴有剧烈的疼痛、腹股沟淋巴结炎等症状。生殖器疱疹的症状表现是生殖器部位的皮肤出现瘙痒性、疼痛性以及烧灼感的水疱或者糜烂，同时在早期可伴有发热、肌肉酸痛、头痛等不适症状，而无腹股沟淋巴结炎的表现。所以生殖器疱疹与软下疳可以通过症状表现来进行区别。

3、辅助检查

生殖器疱疹与软下疳还可以通过辅助检查的方式来进行区分以及作为诊断依据。生殖器疱疹的辅助检查主要是病毒分离培养、抗原检测、特异性血清抗体检测等。软下疳的辅助检查主要是病原菌培养、免疫学检查、涂片染色检查等。并且软下疳的涂片显微镜检查和细菌培养是可以检测出杜克雷嗜血杆菌，而生殖器疱疹是检测不出的。所以生殖器疱疹与软下疳可以通过临床上辅助检查来进行区分。