生殖器疱疹是不会通过马桶垫传染的，生殖器疱疹是一种常见的性病，是通过性行为传播或直接接触传播，在外面使用公共马桶垫是属于间接接触，一般是不会传染生殖器疱疹的。

生殖器疱疹一般不会通过马桶垫传染。公用的马桶垫上的是有可能存在生殖器疱疹的病毒，但是这些病毒在马桶垫上的存活率非常低，病毒的活性达不到传染的地步。皮肤和生殖器疱疹病毒接触时，只有接触的人皮肤粘膜破损、病菌数量大活性足够、接触者自身免疫力低下三个条件同时满足的情况下，才可能造成感染。

生殖器疱疹是通过性接触传染的，比如男女之间的直接性行为会传染，或者皮肤有伤口，伤口刚好碰到生殖器疱疹病毒了也会传染生殖器疱疹。还有直接和生殖器疱疹患者使用了同一条毛巾或内裤也会被传染生殖器疱疹。