生殖器疱疹和毛囊炎是两种不同的疾病，在许多方面都有所体现，如临床症状、感染类型、治疗方法等都各有差异，患者如果出现相关症状，需及时就医并对症治疗，不可私自判断或胡乱用药，以免加重病情。具体内容详见下文分析。

首先，两种疾病的感染类型有所不同。生殖器疱疹是由于疱疹病毒感染所致的皮肤病，是可以通过性行为传播的；而毛囊炎大多由金黄色葡萄球菌感染所引起，也有少数是因马拉色菌或铜绿假单胞菌导致，一般情况下是没有传染性的。

接着，两种疾病的临床症状也有所区别。生殖器疱疹常见症状是患者的生殖器周围皮肤上长有水疱，且水疱较多而密集，也会有不同程度的疼痛或灼烧感；而毛囊炎的常见症状是患者全身各处都有可能会出现丘疹样的皮肤损害，一般而言数量会较少，有时候会伴有疼痛感，但一般不明显。

最后，两种疾病的治疗方法更是有所差异。生殖器疱疹患者常需进行抗病毒治疗，并在医生指导下内服如阿昔洛韦、伐昔洛韦等药物，或外涂阿昔洛韦乳膏等；而毛囊炎患者需据不同病因以对症治疗。如果是因为细菌感染，患者可以内服阿莫西林、四环素等药物或外涂夫西地酸乳膏、莫匹罗星软膏等。如果是真菌感染，患者可以外涂酮康唑洗剂、特比萘芬乳膏等或内服氟康唑、伊曲康唑等药物。

综上所述，生殖器疱疹是由疱疹病毒感染所致，可通过性行为传播，而毛囊炎大多为细菌或真菌感染，不具有传染性；且两者病症表现和治疗方法也是有所不同，前者表现为生殖器周围多而密集的水疱，且有疼痛感，常进行抗病毒治疗，后者则表现为丘疹样的皮肤损伤，需对症下药。