一般来说，非淋菌性尿道炎治疗及时的话是不会影响到精子质量的。但如果病情持续加重诱发慢性炎症的话，很有可能就会患者出现附睾炎等症状，从而影响到精子质量。为了避免疾病给患者的日常生活带来后续系列的不良影响，建议患者在确诊之后及时治疗。

非淋菌性尿道炎是一种比较常见的具有传染性的泌尿生殖道疾病，通常是因为患者有过不洁的性经历而感染。在发病的情况下，患者通常会出现尿道刺痛、尿道分泌物增多、阴茎局部疼痛等症状，但是也不排除有极少数患者可能全程都无病症或症状并明显，可能需要通过某些检查才能确定自己感染了何种病毒，以便后续对症治疗。如前所述，治疗不及时的话，非淋菌性尿道炎就会逐渐诱发前列腺炎、附睾炎、男性不育等并发症，影响到患者的精子和精液治疗，干扰精子运动。

因为非淋菌性尿道炎发病缓慢，潜伏期较长，早期症状又比较轻微，所以就很容易被忽视，从而延误治疗。而就目前而言，在对该病进行治疗之前，建议患者先进行尿液检查或细菌培养检查，以排查具体致病菌，才能确定具体用药方案，通常来说，该病最常用的治疗药物就是广谱抗生素，比如四环素、强力霉素、红霉素、庆大霉素、链霉素等药物，不同患者的体质不同、感染的致病菌也略有差异，所以具体应当使用何种药物，应当根据检查结果在主治医生的知道下决定。

综上所述，非淋菌性尿道炎若及时干预治疗的话是不会影响到患者的精子质量的，但是当病情发展到出现附睾炎、前列腺炎等并发症的时候，就可能会影响到精子质量了。此外，想要提醒患者的是在用药治疗期间，一定要坚持按时、定量用药治疗，注意个人卫生。